Al ponerse en marcha la Sociedad Geográfica de Lima, su primer consejo directivo diseñó un amplio programa de investigaciones con el que se deseaba hacer efectiva la labor de cohesión, orientación y promoción de la ciencia que caracteriza a cualquier institución científica. Este programa enfatizaba la necesidad de hacer trabajos de carácter práctico y concreto, dada la ideología positivista dominante entre los miembros de la Sociedad, y estaba organizado en torno a siete líneas de trabajo, que desarrollaron otras tantas comisiones técnicas, como se puede observar en el siguiente cuadro.

COMISIONES Y PROGRAMA DE LA SOCIEDAD GEOGRÁFICA DE LIMA*

I. Historia Natural del Perú en sus relaciones geográficas, dividida en tres secciones:
1ª – Zoología nacional, bajo la presidencia del naturalista Guillermo Nation
2ª – Botánica, bajo la presidencia del hacendado y naturalista Manuel García Merino
3ª – Mineralogía, Geología y Paleontología, bajo la presidencia del ingeniero de minas y geólogo Leonardo Pflücker y Rico.

II. Geografía General Descriptiva del Perú, dividida en tres secciones:
1ª – Orografía, Topografía e Hidrografía fluvial del Litoral, bajo la presidencia del capitán de navío Melitón Carvajal
2ª – Orografía, Topografía e Hidrografía fluvial de los Andes y de la región amazónica, bajo la presidencia del director de la Escuela de Ingenieros Eduardo Habich
3ª – Hidrografía oceánica, bajo la presidencia del contraalmirante Antonio A. de la Haza

III. Meteorología y climatología del Perú, bajo la presidencia del doctor en ciencias, ingeniero y astrónomo Federico Villarreal

IV. Razas, Etnografía, Arqueología y Geografía Histórica del Perú, bajo la presidencia del médico y cirujano Pablo Patrón

V. Estadística y Demografía Nacional y Estadísticas Civil y Militar de las naciones vecinas, bajo la presidencia del doctor en jurisprudencia Enrique Perla.

VI. Comisión de límites y dirección del archivo del ramo, bajo la presidencia de José Casmiro Ulloa.

VII. Comisión de informe del archivo Raimondi, bajo la presidencia del ingeniero civil Ernesto Malinowski.

* Boletín de la Sociedad Geográfica de Lima, vol. I, pp. 41-43 y 468-70.